Der gebürtige Berliner Marcus Merkel studierte Dirigieren, Komposition, Klavier und Gesang in Berlin. In seiner Jugend wurde er außerdem als Jazz-Pianist und Sänger sowie am Kontrabass und am Saxophon ausgebildet. Er gewann u.a. vier mal den Bundeswettbewerb Komposition und jüngst den Wettbewerb für die Festfanfare der TU Graz. Kurse besuchte er unter anderem bei Gianluigi Gelmetti, Hospitant war er bei Christian Thielemann in Bayreuth. Marcus Merkel gründete noch während seines Studiums die Junge Philharmonie Berlin und ist seitdem deren künstlerischer Leiter. In dieser Zeit dirigierte er auch ein Festival in Kyoto (Japan), leitete für die Education-Abteilung der Berliner Philharmoniker einen Dirigier-Workshop und sprang für Julien Salemkour bei einer Produktion von „Le nozze di Figaro“ in Rostock ein.
Ab der Saison 2015/16 war er zunächst als Solorepetitor mit Dirigierverpflichtung, später als Kapellmeister an der Oper Graz engagiert und dirigierte dort über 40 Vorstellungen pro Saison, darunter Stücke wie Die Königskinder, Norma, Don Carlo, La Forza del Destino und Der fliegende Holländer. Einstudierungen leitete Marcus Merkel von Premieren wie Die Fledermaus, Candide, Le nozze di Figaro und Les pêcheurs de perles. Höhepunkte während seiner Zeit in Graz waren u.a. eine Ariadne auf Naxos in Amsterdam, die Einstudierung aller Beethoven Klavierkonzerte für Rudolf Buchbinder, ein Verdi Requiem im Berliner Dom, ein konzertanter Fidelio mit Sir Bryn Terfel sowie eine halbszenische Tosca mit Kristine Opolais, Jonas Kaufmann und Ludovic Tézier. Darüber hinaus gründete Merkel die Jungen Konzerte Graz, mit denen er regelmäßig Konzerte von jungen Musikern für junge Menschen veranstaltet. Um seine Führungskompetenz zu erweitern, absolvierte er nebenbei ein MBA Studium.
Seit der Saison 2022/23 ist Marcus Merkel Chefdirigent am Theater Koblenz, wo er sich bereits im April 2022 mit einem neuen Parsifal vorstellte. In seinem ersten Jahr als Chefdirigent debütierte er beim Antwerp Symphony Orchestra und studierte in Koblenz die Premieren von Freischütz, La Traviata und Nixon in China ein. Im Sommer 2023 feierte er in Graz mit einer Carmen mit Elina Garanča, Ramón Vargas und Erwin Schrott einen großen Erfolg. In der Saison 2023/24 studiert er in Koblenz La clemenza di Tito, Hänsel und Gretel sowie Ariadne auf Naxos ein. Gastengagements führen ihn für ein Sinfoniekonzert an das Staatstheater Darmstadt, für ein Verdi Requiem in den Berliner Dom sowie nach Graz für eine Konzertfassung des Ring des Nibelungen mit Klaus Florian Vogt und Michael Volle. 2024/25 kehrt er nach Antwerpen für ein Sinfoniekonzert zurück und debütiert an der Semperoper Dresden mit einer Aufführungsserie der „Fledermaus“.